El MUCBO cuenta actualmente con dos exposiciones permanentes, situadas en el primer y segundo piso del edificio. Estas exposiciones muestran una variedad de especímenes, acompañados de modelos que los recrean en sus hábitats naturales.
En el segundo piso del Museo, la exposición de Biodiversidad Actual se inauguró en dos fases (2011 y 2017). La primera sala está dedicada a la fauna marina de las Islas Baleares, con vitrinas que muestran la diversidad de moluscos, crustáceos y otros invertebrados, así como paneles sobre tiburones, mamíferos marinos y tortugas marinas. También hay un diorama del ecosistema de praderas de Posidonia oceanica.
La segunda sala, actualmente en renovación, comienza con réplicas ampliadas de foraminíferos y continúa con la exposición de la fauna terrestre de las Islas Baleares. Incluye vitrinas con aves, artrópodos y gasterópodos, destacando un águila pescadora y un águila real. Además, hay seis paneles informativos sobre la biodiversidad de las islas, los endemismos y las especies invasoras.
La planta baja del Museo está dedicada a la exposición permanente de Geología, la cual está siendo sometida a una renovación integral que se llevará a cabo por fases. A partir de 2025, los visitantes podrán explorar módulos relacionados con la geología de las cuevas y aguas subterráneas. Estos módulos explicarán las características únicas de estos entornos subterráneos, las formaciones que contienen (estalactitas, estalagmitas, espeleotemas freáticos, flujos de carbonato, etc.), y los procesos de origen y funcionamiento de las cuevas y acuíferos, que son de gran importancia para nuestras islas.
Se anticipa que esta exposición, que se ampliará con el tiempo, también cubrirá el concepto de tiempo geológico, minerales, rocas, los usos de la geología, geomorfología y tectónica.
La exposición de Paleontología en el primer piso del Museo, inaugurada en 2003, está organizada en dos salas. La primera sala explica qué son los fósiles y cómo se forman, presentando una gran hoja de palma fósil (Sabalites sp.) de Fornalutx. La segunda sala contiene fósiles organizados cronológicamente desde el Paleozoico hasta el Cuaternario, con vitrinas laterales que incluyen piezas tanto de las Islas Baleares como de otros lugares, y vitrinas centrales que exhiben solo fósiles de las Islas Baleares.
Entre los fósiles más notables se encuentra un fragmento de la mandíbula de un reptil moradisaurino, vértebras de ictiosaurios y notosaurios, moluscos amonitas, plantas y animales del Paleógeno y un esqueleto parcial de Metaxytherium medium. Además, hay vitrinas dedicadas a los mamíferos emblemáticos del Cuaternario Balear, como un esqueleto montado de Myotragus balearicus y restos del ratón gigante Hypnomys morpheus.
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