Der MUCBO bietet derzeit zwei Dauerausstellungen, die sich im ersten und zweiten Stock des Gebäudes befinden. Diese Ausstellungen zeigen eine Vielzahl von Exponaten, die von Modellen begleitet werden, welche einige davon in ihren natürlichen Lebensräumen rekonstruieren.
Im zweiten Stock des Museums wurde die Ausstellung zur aktuellen Biodiversität in zwei Phasen (2011 und 2017) eingeweiht. Der erste Raum ist der Meeresfauna der Balearen gewidmet, mit Vitrinen, die die Vielfalt der Weichtiere, Krebstiere und anderen wirbellosen Tieren zeigen, sowie Tafeln über Haie, Meeressäuger und Meeresschildkröten. Es gibt auch ein Diorama des Posidonia oceanica-Seegraswiesen-Ökosystems.
Der zweite Raum, der derzeit renoviert wird, beginnt mit vergrößerten Nachbildungen von Foraminiferen und setzt die Ausstellung der terrestrischen Fauna der Balearen fort. Es gibt Vitrinen mit Vögeln, Arthropoden und Gastropoden, darunter einen Fischadler und einen Steinadler. Zusätzlich gibt es sechs Informationstafeln über die Biodiversität, Endemismen und invasive Arten der Inseln.
Das Erdgeschoss des Museums ist der ständigen Geologieausstellung gewidmet, die derzeit umfassend renoviert wird und in Phasen durchgeführt wird. Ab 2025 können Besucher Module zur Geologie von Höhlen und Grundwasser erkunden. Diese Module erklären die einzigartigen Merkmale dieser unterirdischen Umgebungen, die darin enthaltenen Formationen (Stalaktiten, Stalagmiten, phreatische Speläotheme, Karbonatströme usw.) sowie die Entstehungs- und Funktionsprozesse von Höhlen und Aquiferen, die für unsere Inseln von großer Bedeutung sind.
Es wird erwartet, dass diese Ausstellung, die im Laufe der Zeit erweitert wird, auch das Konzept der geologischen Zeit, Mineralien, Gesteine, die Nutzung der Geologie, die Geomorphologie und die Tektonik abdecken wird.
Die Paläontologie-Ausstellung im ersten Stock des Museums, die 2003 eingeweiht wurde, ist in zwei Räume unterteilt. Der erste Raum erklärt, was Fossilien sind und wie sie entstehen, und zeigt ein großes fossiles Palmenblatt (Sabalites sp.) aus Fornalutx. Der zweite Raum enthält Fossilien, die chronologisch vom Paläozoikum bis zum Quartär angeordnet sind, mit seitlichen Vitrinen, die Stücke von den Balearen und anderswo enthalten, und zentralen Vitrinen, die nur Fossilien von den Balearen ausstellen.
Zu den bemerkenswertesten Fossilien gehören ein Fragment des Oberkiefers eines Moradisaurier-Reptils, Wirbel von Ichthyosauriern und Nothosauriern, Ammoniten-Mollusken, Pflanzen und Tiere aus dem Paläogen und ein Teilskelett von Metaxytherium medium. Darüber hinaus gibt es Vitrinen, die den emblematischen Säugetieren des balearischen Quartärs gewidmet sind, wie ein montiertes Skelett von Myotragus balearicus und Überreste des riesigen Siebenschläfers Hypnomys morpheus.
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